Przyczyny rozwoju alergii nie są do końca jasne. Trudno jednoznacznie potwierdzić lub obalić rolę określonego czynnika, choć wskazuje się na kilka przyczyn mających poważny wpływ powstanie i rozwój chorób alergicznych:
– genetyka – istnieją poszlaki wskazujące na istotny wpływ genów na powstanie alergii – szacuje się, że od 40% do 80% chorych odziedziczyło skłonności alergiczne po swoich przodkach. Istnieje również prawdopodobieństwo, iż wszyscy ludzie mają genetyczną skłonność do alergii, jednak nie u wszystkich osób kończy się ona chorobą
– zmiany w stylu życia – wzrastająca sterylność miejsc prowadzenia życia spowodowała mniejszy kontakt z powszechniej w przeszłości występującymi substancjami. Higiena oraz nowe wzorce zachowań wyeliminowały całkowicie lub znacząco z codziennego kontaktu czynniki, z którymi nasi przodkowie stykali się permanentnie. Ograniczony od nich całkowicie lub częściowo organizm reaguje na ich obecność w sposób nieprawidłowy w postaci reakcji alergicznej. Dowodem na to jest liczba i charakter niektórych alergii w krajach rozwiniętych, które prawie w ogóle nie mają swojego odpowiednika w krajach uboższych.
– czynniki środowiskowe – ze zmianą stylu życia wiąże się także zmiana środowiska. W ludzkim otoczeniu zaczęły dominować tworzywa sztuczne, pokarmy otrzymywane z wykorzystaniem czynników chemicznych czy dym papierosowy. Współczesne miasta są także pełne spalin i pyłów, które w zależności od stężenia są w różny sposób traktowane przez ludzki organizm. Ponadto zmiany klimatyczne wywołują zmiany w pyleniu roślin, co skutkuje bardziej uciążliwymi objawami u osób uczulonych na pyłki.
Trudności we wskazaniu jednej konkretnej przyczyny leżą także w charakterze samej choroby – alergia jest bowiem chorobą bardzo różnorodną, mającą wiele objawów o różnej skali nasilenia. Istotny jest tu także fakt dużej ilości czynników wywołujących alergię, które przy ogromnej populacji chorych na alergię i wielości efektów jakie mogą wywołać, czynią wskazanie jednej głównej przyczyny wręcz niemożliwym.